Entwurf und Implementierung von Algorithmen für die Analyse von Massenspektren.

• Interaktive Softwaretests
• Analyse von Performanz- und Lasttests
• Aufbau einer Testautomatisierungsumgebung
• Durchführung und Analyse von automatischen Tests
• Code Reviews

• Recherche zum Thema SWIR und multispektrale Bildgebung im Bereich Laparoskopie und minimalinvasive Chirurgie
• Ermittlung des Standes der Technik
• Beurteilung des Standes der Technik
• Entwurf von Experimenten
• Beratung bei der Durchführung von Forschungsvorhaben

• Entwicklung von Algorithmen und Methoden zur Identifizierung von Proteinen mit Hilfe hochaufgelöster Massenspektrometrie
• Implementierung von algebraischen Algorithmen in C++
• Implementierung effizienter Enumerations- und Analysealgorithmen in C und C++
• Simulationsrechnungen in C und C++
• Ausarbeitung einer Patentanmeldung
• Übersetzung von Patentanmeldungen

• Vorbereitung von Entscheidungen der Geschäftsleitung
• Verhandlungsführung und Schriftwechsel mit Kunden
• Assistenz bei der Auswahl neuer Mitarbeiter
• Erarbeitung von Softwarespezifikationen
• Koordination von Softwaresprojekten
• Entwicklung eines Immun-Hämatologie-Subsystems für ein Laborinformationssystem (LIS); Projektleitung für eine Gruppe von fünf Mitarbeiterm, Entwicklungsaufwand mehr als zehn Mannjahre
• Entwurf der Module und der grafischen Nutzerführung anhand eines terminalbasierten Vorläufersystems unter meiner Leitung in der Arbeitsgruppe; Implementierung der grafischen Oberfläche in Swing sowie einer Web-Oberfläche hauptsächlich durch die Mitarbeiter der Arbeitsgruppe; im Prototypen kamen C++-Server (Client-Server-Kommunikation über CORBA) sowie JDBC zum Einsatz; die C++-Server wurden in der Endversion durch einen Java-Server (Client-Server-Kommunikation über RMI) mit Hibernate-Schnittstelle zu Oracle ersetzt.
• Datenbankentwurf und Implementierung einschließlich trigger, stored procedures etc. in Oracle unter AIX
• Aufgrund hoher Sicherheitsanforderungen Implementierung eines datenbankgestützten Protokollsystems für persistente Nutzeraktionen
• Implementierung von Teilen der Java-Schnittstelle zur Datenbank mit Hilfe von Hibernate
• Entwicklung einer objektorientierten Kapselung für das Laborinformationssystem (welches in C und Pascal entwickelt wurde) in C++
• Entwicklung eines performanten Java-Servers, wobei die
• Kommunikation mit dem Laborinformationssystem über die C++-Kapselung mit Hilfe von JNI und Javolution realisiert wurde; Client-Server-Kommunikation über RMI; Performanztests
• Weiterentwicklung dieses Servers für weitere Module des Laborinformationssystems, insbesondere Pathologie und Hygiene
• Installation des neuen Immun-Hämatologie-Subsystems bei Kunden inklusive Datenübernahme mit Hilfe von Oracle SQL-Loader (sqlldr); hierzu Entwicklung geeigneter Datenübernahmeroutinen in C und Perl
• Präsentation des Immun-Hämatologie-Subsystems auf der MEDICA sowie bei Kunden
• Grundlegende Überarbeitung des Versionierungs- und Buildprozesses mit Hilfe von CVS, Make, Ant, Perl und Unix Shell-Skripten (firmenweit); Evaluierung von Jenkins
• Implementierung von Nightly Builds mit automatisierter Fehleranalyse und Berichterstattung mit Hilfe von Unix Shell-Skripten und Perl
• Grundlegende Überarbeitung des Auslieferungs- und Updateprozesses der Software des Laborinformationssystems mit Hilfe von Perl, Unix Shell-skripten und Make mit deutlicher Steigerung der Zuverlässigkeit und Qualität
• Durchführung zahlreicher Systemupdates bei Kunden
• Programmierung von Datenübernahmeroutinen für andere
• Module (zum Beispiel Mikrobiologie) von Fremdsystemen in C, flex, yacc und Perl sowie Durchführung der Datenübernahmen für Kunden
• Portierung des Quellcodes des Immun-Hämatologie-Subsystems und großer Teile des Laborinformationssystems von AIX auf Linux

• Beratung der Analytikabteilung eines schweizer Forschungsinstitutes aus dem Bereich der Molekularbiologie und der Medikamentenforschung
• Bestandsaufnahme und Anforderungsanalyse
• Entwurf eines auf die Bedürfnisse angepaßten Workflowsystems
• Entwicklung eines Prototypen auf Web-Basis (Perl/CGI)
• Beratung eines Mitarbeiters des Institutes bei der Implementierung des Systems in .NET
• Installation einer Suchmaschine für Massenspektrometriedaten (Mascot) einschließlich Apache und Oracle auf einem Linux-Server
• Konfiguration des Mascot-Systems sowie verschiedene Anpassungen und Modifikationen des Mascot-Systems
• Integration des Mascot-Systems mit einem zweiten Analysesystems (Xcalibur)
• Realisierung diverser Automatisierungsaufgaben (Analysepipelines)

• Entwicklung von Methoden und Algorithmen zur Analyse von Proteinen mit Hilfe hochaufgelöster Massenspektrometrie mit Anwendung in Hochdurchsatzverfahren
• Computergestützte Simulation des Meßprozesses einschließlich Erzeugung synthetischer Meßdaten
• Überprüfung und Optimierung von Auswertestrategien anhand synthetischer und experimenteller Daten
• Ausarbeitung einer Patentanmeldung für ein Verfahren zur Analyse von Proteingemischen mit Hilfe kombinatorischer Optimierung (Deutsches Patent DE102004016667B4)
• Antragsstellung für ein exploratives Projekt im Rahmen des NGFN; in diesem Zusammenhang Kooperationsvereinbarungen mit diversen Forschungseinrichtungen
• Kooperation mit einem Hersteller von FT-ICR Massenspektrometern

• Beratung von Kunden bei der Auswahl bioinformatischer Methoden
• Ausarbeitung von Fachkonzepten und Spezifikationen für Softwaremoduke aus den Bereichen Genomanalyse, Expressionsanalyse und Proteomanalyse
• Mitarbeit bei der Ausarbeitung von Antragstexten für öffentlich geförderte Projekte
• Entwicklung von Auswerteverfahren anhand von Testdatensätzen in C und Perl
• Implementierung von Prototypen in C, Perl und Java einschließlich Datenbankschnittstellen (Oracle und MySQL)
• Grundlegende Überarbeitung des Versionierungs- und Buildprozesses mit Hilfe von CVS, Make, Ant, Perl und Unix Shell-Skripten (firmenweit)
• Projektleitung für ein Projekt aus dem Bereich Expressionsanalyse (vier Mitarbeiter)
• Interne Schulung von Molekularbiologen in Linux

• Entwicklung eines ultraschnellen Verfahrens der Kernresonanzbildgebung
• Computergestützte Simulation des Meßprozesses in C
• Überprüfung und Optimierung des Meßverfahrens anhand der Simulationen
• Implementierung des Verfahrens auf einem Spektrometer unter Verwendung proprietärer Ansteuerungssoftware
• Durchführung von Messungen
• Implementierung von Bildrekonstruktionsalgorithmen in C
• Implementierung der graphischen Ausgabe und Analyse in C und X11 auf Linux und SGI
• Datenauswertung, Dokumentation
• Numerische Berechnungen zu selbstrefokusierenden Hochfrequenzpulsen in C
• Ausarbeitung einer Patentanmeldung (Deutsches Patent DE000019952965C2)

• Durchführung von Regressionstests
• Analyse von Ablaufprotokollen
• Analyse von Quelltext
• Analyse der in einer Datenbank abgelegten Ereignisse von Testläufen mit Hilfe von Perl
• Instrumentierung des Quelltextes und Analyse von Statistik (Quantify), Abdeckung (Purecoverage) und Programmierfehler (Purify) mit Hilfe von Perl anhand der entsprechenden Ausgabedateien
• Erstellung von Fehlerberichten mit Perl
• Erstellung von Fehlermeldungen

• Implementierung eines Parsers in lex zur Extraktion von Informationen aus C++-Quellcode für Spezifikationsdokumente
• Implementierung eines Softwaremoduls in C++
• Komponententests für dieses Modul
• Fehleranalyse einer SmartPointer-Implementierung
• Anfertigung einer Leistungsmerkmalbeschreibung
• Bearbeitung von Fehlermeldungen